Das gewachsene Bedürfnis nach höherer Schulbildung für Mädchen/Töchter in Elberfeld führte im Jahre 1872 zur Gründung einer privaten „Höheren Töchterschule“ durch die Geschwister Sarres, zweier Lehrerinnen, deren Vater ebenfalls Lehrer an der Elberfelder Realschule gewesen war. Zum Lehrangebot der neuen Schule gehörten Religionsunterricht, Mathematik, Naturwissenschaften, Französisch, Englisch, Handarbeit, Musik und Tanz. Mit diesem Fächerangebot hob sich die Schule von anderen ab, die ihre Schülerinnen mit dem Schwerpunk „Hauswirtschaft“ auf ihr späteres Leben an der Seite ihres Mannes vorbereiteten.

Gründung einer privaten Grundschule/Volksschule durch Frau Auguste Idel, die 1922 der Herder-Schule angegliedert wird.

1922 übernahm Dr. Hans Borgs-Maciejewski die inzwischen 50 Jahre alte Mädchenschule, gleichzeitig gründete er im selben Jahr das nach dem Dichter der Klassik benannte Schiller-Pädagogium, eine höhere Schule für Jungen. Die Mädchenschule wurde nach dem Wegbereiter des Humanismus Johann Gottfried Herder umbenannt. Dr. Borgs-Maciejewski führte die Schule noch weitere 50 Jahre durch turbulente Zeiten.

Die Aufbruchszeit der Pädagogik in der Weimarer Republik wurde durch die Machtergreifung Hitlers 1933 und die Errichtung der NS- Diktatur jäh unterbrochen. Totalitäre Diktaturen dulden keine Gewaltenteilung, keine Menschenrechte und keine nicht von ihnen kontrollierten Institutionen und damit auch keine Privatschulen. Gleichzeitig begann aber für unsere Schule auch die Zeit der Bewährung für die eigene freiheitlich-humanistische Prägung. Ab 1937 sollten die jüdischen Kinder aus den Schulen entfernt werden. An Herder-Schule und Schiller-Pädagogium konnten sie so lange wie möglich bleiben, ohne ihr Wissen wurden sie mit christlicher Religionszugehörigkeit in den Schulannalen weitergeführt. Vielen Schülerinnen und Schülern jüdischen Glaubens wurde bei der Flucht ins Ausland geholfen.

Nachdem 1943 die letzten Herderschüler nach endgültigem Verbot die Schule verlassen mussten, begann schon 1945 die Wiederaufnahme des Schulbetriebs durch Erlaubnis der britischen Besatzungsregierung.

Dr. Heinz Reinecke wurde 1951 Schulleiter und blieb es bis 1976. Er hat die Schule seit den 50er Jahren wesentlich geprägt. Dr. Reinecke führte Mitte der 60er Jahre die Mädchen und die Jungenschule unter dem Namen Herder-Schule zusammen. Er pflanzte der Schule in besonderer Weise das pädagogische und humanistische Gedankengut des Weimarer Dreigestirns Herder, Goethe und Schiller ein. Dr. Reinecke war engagiertes Mitglied der Reformpädagogischen Bewegung.

1954 fand die Herder-Schule in der Schmits’schen Villa in der Luisenstraße ihr jetziges Zuhause.
Dieses klassizistische Gebäude mit seinem mehrere tausend Quadratmeter großen Park wurde 1882 für den Textilfabrikanten Julius Schmits als Wohnhaus nach den Plänen des bekannten Düsseldorfer Architekten Bramesfeld erbaut. Hinzu kam etwas später das sogenannte Kutscherhaus, das als erste fest umbaute „Garage“ Elberfelds gilt.
Gemeinsam mit seinem Schwager Von der Heydt begründete der Kunstliebhaber Schmits das gleichnamige Wuppertaler Museum.

Zusammenlegung von Mädchenschule (Herder-Schule) und Jungenschule (Schiller-Pädagogium). Die bisherige Leiterin der Mädchenschule, Frau Änne Gommann, geht in den Ruhestand und übergibt die Mädchen an ihren Kollegen Dr. Heinz Reinecke.

Dr. Günther Rauch wird Schulleiter und nach vier Jahren zum Magistratsdirektor für Schule und Kultur seiner Heimatstadt, Offenbach.

Dirk Norpoth, der zuvor schon als Lehrer an der Herder-Schule unterrichtete, wird neuer Schulleiter. Es beginnt eine Rückbesinnung auf den reformpädagogischen Ansatz der Schule, angelehnt an die Theorie und Praxis Maria Montessoris. Der Ausbau der Ganztagsschule erfolgt sowie eine stärkere Internationalisierung durch die Einführung der internationalen Sprachzertifikate, Mitgliedschaft in der International Schools Association (ISA) und dem Verband Deutscher Privatschulen (VDP). Dirk Norpoth blickt auf eine über 20-jährige Vorstandstätigkeit im Verband Deutscher Privatschulen und in der Arbeitsgemeinschaft Freier Schulen (AGFS ) zurück, die als Dachorganisation die Interessen aller Privatschulverbände katholischer und evangelischer Schulen, Waldorfschulen und VDP-Schulen vertritt.

Mit Einführung des neuen Schulgesetzes erhält die Herder-Schule die staatliche Anerkennung als Ergänzungsschule. Dieser rechtliche Status ersetzt die zuvor – seit 1872 gültige – Genehmigung zur Unterrichtung schulpflichtiger Schüler.

Die Schülerinnen und Schüler der Herder-Schule nehmen seit 2007 (Abitur) und seit 2008 (Fachoberschulreife) an den NRW- weiten zentralen Abschlussprüfungen teil. Diese Prüfungen werden über die zuständige Bezirksregierung durchgeführt. Damit sind die Abschlüsse staatlich anerkannt.

Die Herder-Schule feiert ihr 140-jähriges Bestehen und engagierte Eltern und Ehemalige gründen den gemeinnützigen Förderverein Freunde der Herder-Schule Wuppertal e.V.